Jan ging in 1941 bij de genie van het Zuid-Afrikaanse leger (SAEC), dat later bij het Britse Achtste leger werd gevoegd. Als soldaat en later korporaal kwam hij in Egypte, Palestina en Italië. Tijdens de veldtocht in Europa zag hij de grootschalige schade die de oorlog had gebracht. Hij realiseerde zich dat er voor hem als bouwkundige genoeg werk was te doen in Nederland. In 1946 remigreerde het gezin Van Schagen naar Nederland en trok het in bij de zus van Jan, die woonde in de Van ‘t Hoffstraat te Haarlem (nr. 39). In het najaar van 1947 verhuisden Jan, Gerda, Janet en Henk naar de Korhaanstraat 46b te Rotterdam. Jan begon een aannemerij.